居民公司就來自全世界的所得(經營和非經營所得)納稅，非居民公司僅就來自馬來西亞的所得納稅。馬來西亞企業所得稅率為24% 。

應納稅所得額和應納稅額的計算

計算經營所得時，哪些項目可以列支，馬來西亞稅法并沒有明確規定，判斷標準是:

1、所得稅法或其他法律沒有特別規定不列支的。

2、該支出與經營活動有關的。

3、該支出是在當期經營年度內發生的。

4、該支出是為創造所得發生的。

5、該支出不是資本性支出。

稅務上的扣除項目主要包括

1、折舊。稅務上認可的折舊資產有:工業用建筑、機械及設備。對于工業用建筑、機械設備計提折舊的種類有:購進時的期初折舊、逐年折舊(直線法)、差額折舊。

2、虧損處理。當期經營虧損可以沖抵當期內其他經營所得以及投資或資產所得。不足抵扣的經營虧損(包括不足抵扣的折舊)可以向后無限期結轉。但是，只能沖抵經營所得,沒有向以前年度結轉的規定。

3、對外國子公司的支付。馬來西亞法人按照公平交易價格向外國子公司支付的特許權使用費、管理服務費和利息費用允許申請扣除。

4、稅額扣除。所得稅通常不能扣除，但是，間接稅諸如銷售稅和服務稅則允許扣除。

5、集團公司虧損處理。符合條件的公司可將其虧損額(最大限額為調整后虧損的70%)轉移至關聯公司。必須滿足的條件是：

a. 關聯公司必須是馬來西亞居民公司以及在馬來西亞注冊成立。

b. 關聯公司和轉移公司于該納稅年度(12個月)之初必須擁有普通股的實收股本超過250萬林吉特。

c. 關聯公司擁有相同的會計年度。

d. 雙方目前沒有具體的享受規定的優惠政策，如先鋒的地位，投資賦稅減免，再投資津貼等。

關聯公司的定義有兩層含義

第一、一家公司占有另一家公司普通股的比例至少達70%，或被第三方公司占有上述兩家公司股票的比例至少達70%。

第二、持股公司在納稅年度末擁有可分配利潤和資產的比例至少達70%。

外國稅額扣除

居民納稅人可以從本國稅額中扣除已在外國繳納的稅額。與該國簽訂有稅收協定，允許扣除全部外國稅額和在馬來西亞繳納的來源于國外的所得稅額中金額較低者。如果沒有與該國簽訂稅收協定，扣除額限定為已繳納外國稅額的一半。