轉口貿易雖然是當今國際貿易中已經默認的游戲規則，但只是企業在貿易形式惡劣環境下的一種無奈選擇。因為轉口貿易是借道第三國出口，交易環節增多，交易時間延長，不可避免地增加了交易的風險。比如，貨物長時間在途的安全風險、企業收付匯風險和稅務風險等，企業需要謹慎對待。
    在稅務風險防范上應從國際和國內兩方面入手。
    在國際方面，中國出口企業需重點關注借道轉口反規避調查的稅務風險。在商品被別國征收反傾銷稅的情況下，中國出口企業一方面應采取積極的對策，通過各種形式、手段來減少或避免被征收反傾銷稅，另一方面也要遵守別國反規避的法律規定，審慎行事，積極防范反規避調查，同時還要要運用法律手段來保護自己，學會合理的規避。
    在國內方面，國內轉口貿易公司主要面臨的是對銷售傭金的稅務處置。在轉口貿易中，向境內或境外的有關代理企業和個人支付傭金的現象普遍存在。需要注意的是，外貿公司如果向境外代理人支付傭金，必須履行代扣代繳營業稅和個人所得稅的義務。如果沒有履行代扣代繳義務，可能會被稅務機關處罰。
    在國際貿易領域，一些企業往往利用傭金支出逃避納稅義務，隱含極高的稅務風險。比如，一些貿易公司賬目上如果存在大量傭金款項支出，支出對象又是一些國際避稅地的企業，對于這樣的行為，稅務機關往往會認定貿易公司這些支出并非真正的傭金，真正目的在于轉移企業利潤，借以規避企業所得稅和個人所得稅。這種情況一旦被查實，外貿公司將面臨稅務機關的特別納稅調整。
    不過，許多中國出口企業為了降低稅收成本，往往選擇在香港地區注冊公司專門從事轉口貿易業務。