外貿出口代理企業經營轉口貿易業務涉及的稅收事宜相對較為簡單。從實務來看，轉口貿易業務主要涉及的稅種有營業稅、企業所得稅、個人所得稅和印花稅等。
    支付境外公司傭金需代扣代繳營業稅及附加。所謂對外支付的傭金，是指進出口貿易企業在國際貿易過程中，作為賣方或者買方支付給有獨立地位的中間商代理買賣或撮合交易所得的服務報酬。具體來說，對外支付傭金營業稅繳納方式有3種情況：
    1、是如果境外中間商在境內設有經營機構的，應由其自行申報納稅；
    2、如果境外中間商未設經營機構而有境內代理人的，由代理人代扣代繳稅款；
    3、如果境外中間商在境內既未設有經營機構、也無代理人的，由直接支付傭金者代扣代繳稅款。除代扣代繳營業稅以外，同時還需要扣繳對應的城建稅、教育費附加和地方教育費附加。
    轉口貿易收入應申報繳納企業所得稅。根據企業所得稅法的規定，外貿出口企業發生的轉口貿易收入應按規定及時計入企業所得稅應納稅收入，申報繳納企業所得稅。對于向境外代理機構支付的傭金，如果境外代理機構在我國構成常設機構則應該在我國繳納企業所得稅，否則無需在我國繳納企業所得稅。
    支付個人銷售傭金需代扣代繳個人所得稅。銷售傭金是指企業在銷售業務發生時支付給中間人的報酬，中間人必須是有權從事中介服務的單位或個人，但不包括本企業的職工。在轉口貿易中，向境內外提供代理服務的個人支付傭金是普遍存在的行為。根據相關規定，無論是支付給境內還是境外個人的傭金，支付者都應按勞務報酬所得代扣代繳個人所得稅。
    轉口貿易應按購銷合同繳納印花稅。根據印花稅暫行條例的規定，轉口貿易所簽訂的購貨和銷貨合同屬于印花稅的應稅合同，應按規定繳納印花稅。如果合同在國外簽訂的，應在國內使用時貼花。